Fue organizado desde 1982 y es uno de los pocos en su género que se encuentran en Bolivia. Conserva información en los llamados "nuevos soportes" y en los soportes tradicionales en papel. La documentación que conserva el Archivo tiene mucho valor informativo, histórico y cultural para la gestión institucional, la investigación científica y la difusión cultural. Esta información refleja gran parte de los procesos socioculturales vividos, en la historia de Bolivia, por las "Culturas Vivas de Bolivia", en las áreas rurales y en los centros urbanos. Sirve como insumo a la Antropología, Etnología, Etnohistoria, Historia, Sociología, Estudios Culturales, Etnomusicología y a las investigaciones en general.


Las series documentales organizadas que permiten el acceso a los documentos son: Misiones de Antropología de Urgencia urbanas y rurales; Actividades Orgánicas institucionales; Actividades Culturales; Actividades MUSEF; Fondos (Marcelo Thorrez, Jurgen Riester, Willer Flores, Damián Aima, Manuel Benavente, Julia Elena Fortún, Juan Debreczeni, Rogelio Ayreru, Julio Cordero, entre otros); Seminarios y Reuniones Académicas; Correspondencia; Informes; Expedientes.

1. Archivo audiovisual.
   Esta unidad cuenta con: a) Archivo de Imágenes Fijas, compuesto por un archivo fotográfico (Diapositivas, Copias Color, Negativos Color, Copias Blanco y Negro, Negativos Blanco y Negro) b) Archivo Gráfico (mapas, planos, afiches, y dibujos); c) Archivo de Microfilm (Temas de acceso: Pueblos Indígenas en Bolivia; Documentación colonial; Partidos políticos en Bolivia; Suárez Hermanos; Semanarios "AQUÍ" y "UNIDAD"; Miscelánea. Cuenta también con: d) Archivo de Imagenes en Movimiento. Los videos están en el sistema NTSC. Hay formatos Super VHS, Umatic, Betacam, SuperV-8mm.
2. Archivo Oral.
   Permite el acceso a seminarios, reuniones, conferencias y entrevistas de personajes nacionales y extranjeros, música popular, música indígena, linguística, literatura indígena, ecología y medio ambiente, agricultura, partidos políticos y medicina tradicional.
3. Archivo Textual o en Papel.
   Reúne fundamentalmente información de la Administración del MUSEF en 1530 unidades de conservación que llegan al año 2005.
4. Archivo Digital.
   Que está en proceso de constitución.