En 1974, por medio de la Resolución Ministerial N° 208, cambió su nominación a Museo Nacional de Etnografía y Folklore (MUSEF); y en 1983 su dependencia fue transferida al Banco Central de Bolivia, por Resolución Suprema N° 19718, ratificada por Ley N° 781 en 1986.

En 1983 se lo declaró como "Institución Científica, Educativa y Cultural de Interés Nacional" por medio de Resolución Suprema N° 198302. Quedando bajo la tuición de la Fundación Cultural del Banco Central de Bolivia en 1997, mediante Ley de la República N° 1670.

Inicialmente el MUSEF se nutrió en base a artesanía tradicional boliviana, recolectando los primeros bienes culturales de este repositorio impulsando festivales y concursos artesanales y exposiciones.

Posteriormente se desarrollaron los primeros estudios científicos etnográficos, los mismos que sirvieron para iniciar la creación de los primeros fondos de cultura material que concentran la memoria histórica del país , representada en diversas colecciones de bienes culturales.

En 1974, luego de cambiar su estructura orgánica, pasa a ser el Museo Nacional de Etnografía y Folklore, dependiente del Banco Central de Bolivia. Se sientan las bases para el establecimiento de la Biblioteca Etnológica especializada, el laboratorio de conservación y restauración de Bienes Culturales Etnográficos, el Departamento de Extensión Cultural, que complementan los estudios de museología, y la restauración del Monumento Nacional en tres etapas.

La sede paceña es una casa del siglo XVIII, declarada "Patrimonio Nacional", maravillosa arquitectura civil que presenta una magnífica portada interior típica del señorío y bonanza alcanzada por esta urbe en aquella época, es el marco que permite el paso a una escalera imperial, ambas totalmente trabajadas en piedra con decoración identificada como del estilo barroco mestizo. Cuenta con un segundo patio que también regala una galería con arcadas de piedra tallada datadas para el mismo siglo, pero con una superposición de corredores del siglo XIX, estilo que además se hace visible en la fachada que la circunda. Este espacio ha sido intervenido en la década de los noventa con la colocación de un "cerramiento vidriado", diseño del Arq. Daniel Contreras con la colaboración del Ing. Eduardo Soux, ambos bolivianos, que han resuelto la obra dentro de una arquitectura claramente del siglo XX, que respeta el espíritu del espacio y armoniza plenamente con el conjunto.

El año 2004 se consolidó otro emprendimiento arquitectónico que logró la ampliación de la mencionada sede. Se trata de una arquitectura totalmente contemporánea que muestra la impronta del inicio del siglo XXI, diseño del Arq. boliviano Carlos Villagómez. Al interior de la manzana que alberga al Museo, existe un nuevo patio cubierto que, a manera de hall, distribuye las nuevas dependencias y logra integrarse espacial y funcionalmente con el edificio antiguo, lo que los visitantes llaman "El tunel del tiempo". Esta sede cuenta con una construcción de alrededor de 7.800 m2, para salas de exposición, depósitos de biblioteca y archivo, bodegas de bienes culturales y oficinas .

El primero o principal, llamado también de recepción, alrededor del cual se encontraban las dependencias principales, bodegas, acceso al salón de honor con su escalinata imperial coronada con dos pilastras decoradas, su arco triunfal de medio punto y su remate de arco mixtilíneo, con un escudo blasónico esculpido en piedra que textualmente dice: "Esta espada quebrará, mas mi fe no faltará".

La arquería de piedra, típica de estas casas de rango señorial, lleva impresos un sin fin de detalles del llamado "barroco mestizo o andino", advirtiéndose estilizaciones florales como la kantuta, piña, papaya, hojas de laurel, figuras zoomorfas como rostros de pumas y patos del lago, aves bicéfalas entre otras. Remata al conjunto un rico esculpido de pequeñas esculturas con motivos alados.

El segundo patio destinado a la servidumbre del señor (mit'anis, pongos de servicio, cocineros, etc.) de menor importancia que el primero, presenta arquería de piedra.

Finalmente el tercer patio destinado a los ambientes de apoyo tales como caballerizas, depósitos y otros menesteres propios del rango.

El 15 de abril de 1930 se declara al Palacio Villaverde como Monumento Nacional. Para 1977 se autoriza la renovación física parcial de esta construcción y se consolida la expropiación del inmueble contiguo sobre la calle Jenaro Sanjinés, que permitió recuperar los dos patios de servicio de la construcción colonial original.

A comienzos de la década de los 70 se autoriza el traslado, desde un inmueble ubicado en la esquina Jenaro Sanjinés y Potosí, conocido como la "Casa del Balcón", de una portada interior y el balcón de esquina. De esta manera, el Palacio enriquece su estructura y preserva el patrimonio arquitectónico.